Num futuro próximo, apesar do mundo aparentemente seguir sua rotina normal, misteriosas criaturas disformes começam a agir na Terra ao mesmo tempo em que pessoas começam a desaparecer misteriosamente. Percebendo a situação incomum e provavelmente alienígena, as forças de defesas terrestres se preparam para conter essa ameaça formando a equipe TLT (Terrestrial Liberation Trust), que dispõe de fundos e tecnologia infinitas para fazer frente a esse tipo de ameaça. Dentro da TLT existe uma força de elite especial chamada Night Raiders, que são as pessoas que efetivamente vão à campo analisar, investigar, combater e deter essas criaturas invasoras. Unindo-se aos Night Riders, surge Komon Kazuki, um ex-membro de uma equipe de resgates que depois de ter visões estranhas acaba sendo recrutado para participar dessa organização secreta. Porém, no dia de sua chegada ao grupo, ele se depara com o ataque de um dos monstros e em meio ao desespero da morte certa, ele acaba sendo salvo por um gigante de luz prateado, que desce dos céus, destrói o monstro com um único golpe e então, após o olhar atentamente com uma expressão que ele julgou conhecida, o gigante subiu novamente aos céus e foi batizado por Komon como Ultraman.

O gigante na verdade, em sua parte humana, se chama Himeya Jun, um fotógrafo dedicado que decide desaparecer depois de presenciar os horrores da guerra e perder a fé na humanidade, um humano que pode ser chamado de"Deunamist", ou seja, uma pessoa que possui um "DNA místico", capaz de permitir que ele seja hospedeiro de um ser como a raça Ultraman! Unidos, Nexus e Jun lutam para impedir que as criaturas denominadas "Space Beasts" devorem a humanidade e destruam a vida no planeta e sempre visando a proteção das especies vivas, em suas lutas para evitar que qualquer criatura da Terra fosse ferida, Ultraman Nexus envolve ele e seus inimigos no "Meta Field", um campo de força que os desloca para uma dimensão paralela, evitando que a destruição chegue ao mundo real.

Em um primeiro estágio da saga, os Night Raiders encaram Ultraman como um inimigo ou pelo menos alguém em quem não podiam confiar as cegas, mas depois das súplicas de Komon e de serem salvos por ele várias vezes, a relação entre o grupo e Nexus passa a ser pacífica de certo modo! No decorrer das batalhas, surgem para combater Ultraman, além de vários monstros, os guerreiros Negros Dark Faust e Dark Mephisto, fortalecidos pelo Dark Field, onde então, heróicamente, Jun acaba morrendo, sendo necessário então o surgimento de um novo "Deunamist", que surge com o nome de Senjyuu Ren, um jovem alegre e divertido e que por ironia do destino acabou se unindo ao guerreiro Ultraman. Nos momentos finais da saga, Ren também tem um fim trágico e morre depois de esgotar suas forças tentando vencer o inimigo! Sem tempo para outra atitude, Ultraman direciona sua luz aos únicos que conseguiriam entender sua luta, ou seja, os Night Raiders, e assim, Nagi e Kazuki enfrentam a luta final contra o guerreiro negro Dark Zagi. Durante essa furiosa e desesperada batalha, Komon Kazuki alcança o nível máximo das energias de Nexus e, após passar por todas as formas já existentes (Anphans, Jeuness e Jeuness Blue), evolui para a forma Ultraman Noah, a com a qual Ultraman traria novamente a paz ao planeta Terra!

Os agentes Night Riders

Komon Kazuki - Especialista Tático

Wakura Eisuke - Líder

Saijyou Nagi - Vice-Lider

Mitsuhiko Ishibori - Cientista

Hikari Shiroi - Médica